Introduzione

I Base Editors sono strumenti per l’editing genomico derivanti dalla fusione di un dominio per il riconoscimento del DNA – tipicamente Cas9- con una deaminasi che induce la mutazione di basi specifiche sul DNA. Per limitare mutazioni indesiderate indotte dal Base editor, sia sull’RNA che sul DNA, abbiamo sviluppato dei mutanti della deaminasi APOBEC1 che possono essere utilizzati per nuovi Base Editors per editing genomico e terapia genica più sicuri.

Caratteristiche Tecniche

Il principale problema associato all’uso dei Base Editors riguarda l’introduzione di mutazioni casuali nel genoma e nel trascrittoma della cellula, i cosiddetti off-targets. Per superare questa problematica, abbiamo selezionato una serie di mutanti di APOBEC1, una deaminasi che agisce sia sul DNA che sull’RNA, utilizzata per l’editing C>T o G>A attraverso screening batterici a partire da un pool generato tramite PCR mutagenica. Questi mutanti conservano la capacità di indurre mutazioni nel DNA, ma sono incapaci di editare l’RNA. Abbiamo quindi fuso questi mutanti di APOBEC1 con Cas9 per generare nuovi Base Editor. Esperimenti di sequenziamento hanno confermato sia la loro specificità sia la ridotta attività off-target, sia sul DNA che sull’RNA. Questi nuovi Base Editor rappresentano una soluzione più sicura per il genome editing e la terapia genica, con un rischio significativamente ridotto di mutazioni indesiderate. TRL=3

Possibili Applicazioni

• Editing genomico controllato e sicuro;
• Terapia genica per il trattamento di patologie innescate da specifiche aberrazioni del DNA: Cancro, Malattie Genetiche, Malattie rare;
• Genome Editing in ambito biotecnologico e agroalimentare.

Vantaggi

• Poter ottenere editing genomico in assenza di effetti off-target sul DNA e sull’RNA;
• Versatilità del sistema nel campo di editing del genoma.