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Identificazione di nuovi bersagli per il trattamento delle infezioni virali

H1N1Influenza tipo ANuovi bersagli molecolariStruttura secondaria dell'RNA

Introduzione

La nuova tecnica RAPiD-MaPseq (RNA Antisense Purification of in vivo DMS-modified RNAs followed by Mutational Profiling) è in grado di identificare la struttura secondaria dell’RNA messaggero di un virus all’interno di una cellula vivente. Questo consente di individuare nuovi bersagli molecolari per il disegno di nuovi farmaci per il trattamento precoce di infezioni virali, quali ad esempio il virus dell’influenza di tipo A.

Caratteristiche Tecniche

La comparazione diretta delle strutture in vitro e in vivo mostra quanto profondamente diversa sia la struttura assunta dall’RNA all’interno della cellula. La tecnica RAPiD-MaPseq combina l’interrogazione della struttura secondaria dell’RNA mediante reagente chimico con la purificazione antisenso e la successiva modellazione computazionale della struttura, ed è così in grado di ottenere informazioni sulla struttura secondaria dell’RNA in vivo. Attraverso l’utilizzo di RAPiD-MaPseq sono stati identificati sei domini strutturali negli RNA messaggeri del virus dell’influenza di tipo A (H1N1), i quali, mediante esperimenti di mutagenesi mirata, sono risultati essere essenziali per la replicazione del virus. Questi domini strutturali, non soggetti alle variazioni della sequenza amminoacidica dovuta alla ricombinazione virale, sono da considerarsi nuovi bersagli molecolari per il disegno di nuovi farmaci per il trattamento precoce dell’influenza di tipo A.

Possibili Applicazioni

  • Interrogazione della struttura secondaria dell’RNA virale all’interno della cellula ospite;
  • Determinazione di nuovi bersagli terapeutici per il trattamento delle infezioni virali.

Vantaggi

  • Elevata specificità;
  • Identificazione in vivo delle strutture secondarie dell’RNA virale;
  • Le strutture secondarie dell’RNA non sono soggette a variazioni nella sequenza amminoacidica del virus e pertanto rappresentano dei validi bersagli terapeutici.