Introduzione

L’instabilità genomica, un segno distintivo delle cellule tumorali, utilizzata per la classificazione clinica che può essere sfruttata per terapie mirate. La conoscenza di quale processo di stabilità del genoma è attivo o alterato nelle cellule tumorali durante la loro progressione aiuta nella valutazione dei regimi terapeutici. Esistono diversi test per valutare l’attivazione generale delle vie di risposta al danno del DNA o il rilevamento di rotture del DNA, basate sulla rilevazione di anticorpi della forma fosforilata della proteina istonica H2Ax o sul modello di colorazione nucleare delle proteine ​​che sono effettori delle vie in risposta al danno del DNA. Tuttavia, non esistono metodi che consentano la valutazione molecolare delle vie di trasduzione legate allo stress replicativo indotto dall’oncogene, processo guidato dall’alterazione della replicazione del DNA dovuta all’accensione aberrante e all’attività del macchinario durante la replicazione, che dà origine a collisioni di DNA replicante con complessi trascrizionali.

Caratteristiche Tecniche

È stato scoperto che la chinasi 12 ciclina-dipendente, CDK12, viene reclutata selettivamente nei siti di rotture del DNA all’interno dei loci trascritti, indicando che può essere utilizzata come marker per rilevare il danno al DNA. Sono stati sviluppati metodi per identificare e/o quantificare detto marcatore in associazione con eventi di danno al DNA. Il metodo si basa sulla rilevazione della proteina CDK12 nei siti danneggiati mediante saggi di immunofluorescenza o utilizzando l’espressione ectopica di proteine ​​chimeriche derivate dalla fusione di CDK12 con proteine ​​fluorescenti. Questi test consentono il rilevamento di CDK12 vicino a focolai di risposta al danno del DNA, sia in singole cellule vive che trasformate. Il test è selettivo perché non rileva danni al DNA nei loci delle regioni genomiche che non vengono trascritte.

Possibili Applicazioni

• Può essere utilizzato per diagnosticare o classificare tumori, valutarne la progressione o evidenziare la sensibilizzazione al tumore di una determinata terapia;
• Terapia tumorale mirata.

Vantaggi

• Semplice test che usa un singolo marcatore;
• Facilmente adattabile a condizioni di test specifiche;
• Scalabile per analisi microscopiche high-throughput/ad alto contenuto di informazioni;
• Facilmente integrabile nel trattamento automatizzato di campioni per uso clinico/industriale;
• Superiore selettività rispetto ai metodi di rilevamento dei singoli marcatori;
• Permette la rilevazione quantitativa dei foci CDK12 endogeni con basso background.